Um das deutsche Naturerbe langfristig zu sichern, haben EuroNatur und viele andere Naturschutzorganisationen in den vergangenen Jahren 65.000 ha Naturschutzflächen in Ostdeutschland eigentumsrechtlich gesichert und dafür eine Summe von 16 Millionen Euro aus Spenden- und Sponsorengeldern aufgebracht. Die jährlich anfallenden Folgekosten werden mit durchschnittlich 50 Euro pro Hektar und Jahr kalkuliert. Allein für die bislang gesicherten Flächen bedeutet das jährliche Kosten von 3,2 Millionen Euro.
Etwa 1.000 Hektar sind für eine Übertragung an EuroNatur vorgesehen. Davon konnten bis Januar 2006 bereits 726 übertragen werden. Für die Verwaltung der Flächen wurde eine Flurstücksdatenbank angelegt. Gespräche mit den Naturparkverwaltungen, örtlichen Naturschutzgruppen und Nutzern über die künftige Entwicklung der Flächen werden kontinuierlich geführt, so dass eine optimale Betreuung gewährleistet ist. Die von EuroNatur übernommenen Naturschutzflächen liegen größtenteils in den östlich bis südöstlich von Berlin gelegenen Naturparken „Märkische Schweiz“, „Dahme-Heideseen“ und „Schlaubetal“.
Es bleibt jedoch nicht bei diesen 65.000 ha, denn sämtliche nach der Wiedervereinigung in den Bundesbesitz übergegangene Flächen müssen veräußert werden. Davon betroffen sind weitere 125.000 ha wertvolle Naturschutzgebiete. Das sind Flächen am Grünen Band, in Kernzonen von Nationalparks und Biosphärenreservaten, NATURA 2000-Gebiete oder zusammenhängende Naturschutzflächen von über 500 ha Größe. Die Naturschutzverbände hatten bereits seit einigen Jahren diskutiert, wie diese Flächen vor der drohenden Privatisierung gerettet werden könnten. Von Seiten der Verbände Flächen in der genannten Größenordnung zu übernehmen, schied aus, da schon mit der Übernahme der 65.000 ha die Grenze der finanziellen Leistungsfähigkeit erreicht war. Deshalb wurde die Etablierung einer weiteren Bundesstiftung vorgeschlagen. Die gute Ausarbeitung dieser Idee an der auch EuroNatur beteiligt war, hat sich nun ausgezahlt: Im Koalitionsvertrag der Bundesregierung wurde im November 2005 festgelegt, dass bis zu 125.000 ha wertvolle Naturschutzflächen im Bundesbesitz als nationales Naturerbe gesichert werden. Die Flächen sollen kostenfrei an die Bundesländer oder an die Deutsche Bundesstiftung Umwelt übertragen werden. Eine Privatisierung ist damit abgewendet.