Ohridsee, Großer und Kleiner Prespasee liegen im Grenzgebiet von Griechenland, Albanien und Mazedonien. Sie zählen zu den ökologischen Schatzkammern Europas und beheimaten eine Vielzahl von Endemiten. (Arten, die es nur hier und sonst nirgends auf der Welt gibt.) Darüber hinaus gelten die Seen als wichtige Raststationen für Zugvögel. Weltweit vom Aussterben bedrohte Vogelarten wie Krauskopfpelikan und Zwergscharbe brüten hier noch in großer Zahl. Gemeinsam mit dem albanischen Umweltverband PPNEA hat EuroNatur bereits erreicht, dass große Flächen unter Schutz gestellt wurden. Im Mai 2000 richtete die albanische Regierung den Nationalpark Prespa-See ein. Er umfasst eine circa 280 Quadratkilometer große Fläche. Ein weiteres 270 Quadratkilometer umfassendes Gebiet steht ebenfalls seit Mai 2000 unter Landschaftsschutz. Durch die Unterstützung von EuroNatur konnten damit in dieser Region, bisher rund 2000 Quadratkilometer Schutzgebietsflächen ausgewiesen werden.
Besondere Bedeutung haben Ohrid- und Prespasee auch deshalb, weil sie Teil eines im Balkan nahtlos zusammenhängenden Schutzgebietssystems sind, des Balkan Green Belt. Es ist so groß wie die Bundesländer Saarland und Hamburg und umfasst ökologisch wertvolle Flächen in Mazedonien, Albanien, Griechenland und Bulgarien. Dieses grüne Netzwerk aus Schutzgebieten und verbindenden Korridoren sichert die Lebensräume vieler Arten, darunter Wolf, Braunbär und Luchs, und ermöglicht deren Wiederausbreitung.
Weil Naturschutz dauerhaft nur mit, nie ohne die Menschen durchsetzbar ist müssen auch die Interessen der Bewohner mit den Naturschutzzielen verknüpft werden. Ohrid- und Prespasee stellen ein Modellprojekt dar, wie Naturschutz mit ökonomischer und naturverträglicher Entwicklung kombiniert werden kann. Auf der Expo 2000 wurde es als weltweites Projekt anerkannt und dargestellt.
Ein Teil der Aktivitäten werden in Zusammenarbeit mit der Deutschen Gesellschaft für Technische Zusammenarbeit (GTZ) durchgeführt.